《穿越西元3000后》讲述的是一位生活在西元2011年的少女叶冰瑶在一次学校露营时,好友卫小桔发现一个山洞中好像闪出丝丝绿光便准备去看看,但找不到男生陪同前去,叶冰瑶决定两人前去。
在到了山洞后,发现有什么转动起来了,叶冰瑶在卫小桔的尖叫中失去了意识。醒来时发现自己掉在了一个未知的地方,当即意识到自己穿越了,面前还有一位面无表情手拿着枪的神秘帅哥!
神秘人(葳斯基)将叶冰瑶当成了火星来的人形机器人,并叫属下控制她的行动,叶冰瑶在机器手中再一次失去了意识。
当她又一次醒来时,发现自己已被控制,而那位神秘帅哥正拿着电锯,准备将她的皮肤割开,以证明她是机器人。就在这时,一个很温和的博士(离博士)出现了,以要调查人为由,叫葳斯基不要贸然行动,叶冰瑶的命总算保下来了。一场跨越千年的爱恋,关于西元3000后的故事就此展开……